第一临床学院下设4个系、32个教研室和5个职能部门。

4个系：

临床医学系、麻醉学系、康复医学系、儿科学系。

32个教研室：

临床医学系（诊断学、内科学、外科学、妇产科学、传染病学、耳鼻咽喉科学、眼科学、临床综合、中医学、急诊医学、老年医学、神经与精神病学、皮肤性病学）。

麻醉学系（临床麻醉学、疼痛诊疗学、麻醉设备学、危重病医学、麻醉学、麻醉学技能中心）。

康复医学系（康复基础学、物理治疗学、作业治疗学、传统康复学、临床康复学、心理言语学、康复工程学）。

儿科学系（小儿内科学、小儿外科学、小儿传染病学、儿童保健学、儿童技能学、儿童康复）。

5个职能部门：

院务办公室、教学办公室、科研与研究生教育办公室、学生工作办公室、分团委。